Los seres humanos han habitado la zona de los Lagos de Plitvice durante miles de años.

Ha sido habitado a su vez por los ilirios, tracios, celtas, Japods, romanos, ávaros, eslavos y turcos. En 1528 la zona se redujo a los otomanos antes de ser recuperada por el Imperio Austríaco 150 años después.

Los austriacos posteriormente la incorporaron en sus fronteras militares, además de los nativos, los croatas que habitaban la región, los serbios que habían huido de la represión de los otomanos cuando se establecieron allí.

Los Lagos de Plitvice se ha convertido en una importante atracción turística a finales del siglo 19.

El primer hotel fue construido allí en 1896, y ya en 1893 contaba ya con un comité de conservación – el predecesor de la actual autoridad del parque nacional. En 1949 el gobierno comunista de Yugoslavia nacionalizó los lagos y les hizo un parque nacional.

El parque fue inscrito en la Lista del Patrimonio Mundial de la UNESCO en 1979 en reconocimiento a su “extraordinaria belleza natural, y la producción de travertino inalterado (toba), por ningún tipo de químicos y biológicos a través de la acción”.