El parque de pronto se convirtió en una de las más populares atracciones turísticas de Yugoslavia.

Sin embargo, en marzo de 1991 se convirtió en la escena del incidente de Lagos de Plitvice – el primer enfrentamiento armado de la guerra de independencia croata que resultó en muertes.

El parque estaba en manos de las fuerzas de la República de la Krajina Serbia durante el conflicto y sufrió algunos daños en el proceso, con los hoteles y otras instalaciones que se utilizaron como cuarteles.

En el campamento de Grabovac hubo matanza de civiles (tres niños) por el ejército yugoslavo en septiembre de 1991.

Fue recuperada por el ejército croata en agosto de 1995 durante la Operación Tormenta, que puso fin a la guerra de Croacia.

La guerra llevó a la UNESCO a añadir el parque a su Lista del Patrimonio Mundial en Peligro. Debido a la importancia económica de la villa, el Gobierno croata, ha convertido en una prioridad sus esfuerzos de remoción de minas, y en diciembre de 1998 la UNESCO reconoció el parque recientemente libre de minas mediante la eliminación de la condición de la lista de los sitios amenazados.

Sin embargo, el entorno del municipio de Plitvice, fuera de los límites del parque todavía tiene algunos problemas con la contaminación de minas.

Los Lagos de Plitvice son hoy una de las más grande atracciones turísticas de Croacia. En 2000, el parque nacional fue ampliado por otros 102 km ².