Los lagos principales se localizan en la meseta homónima de Plitvice, entre las montañas de Licka Plješevica (Gornja Plješevica pico de 1.640 m), Mala Kapela (Seliški vrh pico en 1280 m) y Medveđak (884 m).

Los dieciséis lagos están separados en una parte superior e inferior en un grupo formado por el escurrimiento de las montañas, descendiendo desde una altitud de 636 metros a 503 metros a una distancia de unos ocho kilómetros, alineados en una dirección sur-norte.

Colectivamente, los lagos cubren un área de unos dos km ², con la salida de agua desde el más bajo para formar el lago Korana Río.

Los Lagos de Plitvice se encuentran en una cuenca de rocas cársticas, principalmente de piedra caliza y dolomita, que ha dado lugar a su rasgo más distintivo y original.

Los lagos están separados por las presas naturales de travertino, que es depositado por la acción de musgo, algas y bacterias. El incrustadas plantas y bacterias se acumulan uno encima del otro, formando barreras de travertino que crecen a un ritmo de aproximadamente 1 cm por año.