En diciembre de 2005, General Ante Gotovina, acusado por el TPIY de crímenes de guerra y prófugo desde 2002, fue detenido por las autoridades españolas en las Islas Canarias, en parte como resultado de información de inteligencia proporcionada por el Gobierno croata.

Desde la detención y el traslado de Gotovina a La Haya a finales de 2005, Croacia sigue a cooperar con el TPIY.

Croacia fue admitida el 25 de mayo de 2000 en la Asociación para la Paz programa – que fue diseñado por del Tratado del Atlántico Norte Organización (OTAN) de los Estados miembros en 1994 para fortalecer la seguridad euroatlántica – y, en mayo de 2002, fue acogida con satisfacción en los miembros de la OTAN Programa de Acción, un paso clave hacia la membresía a la OTAN.

El 2 de mayo de 2003, los Estados Unidos se sumaron a Croacia, Albania y Macedonia para firmar la Carta del Adriático, en la que los tres aspirantes se comprometió la OTAN su compromiso con la OTAN y sus valores de los esfuerzos de cooperación para promover sus aspiraciones colectivas OTAN.

En 2008, la Carta del Adriático ampliado para incluir dos nuevos países, Bosnia y Herzegovina y Montenegro.

Croacia recibió una invitación para unirse a la OTAN en la Cumbre de la OTAN en Bucarest, de Rumania, en abril de 2008, y espera convertirse en miembro de pleno derecho de la alianza en la próxima Cumbre de la OTAN en abril de 2009.