La isla Mljet tiene una larga historia de daño ecológico.

Con el fin de aliviar sus problemas de transporte, los monjes cavaron un canal a la costa sur, desde el lago, convirtiendo los dos lagos de agua dulce en lagos de agua salada, básicamente.
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El segundo incidente implica mangostas. Estas fueron introducidos en la isla en la Edad Media con el fin de reducir la población de las serpientes, al parecer la isla fue completamente invadida.

Mientras que las mangostas completaron esta tarea, también se eliminaron casi todas las aves de la isla, especialmente los huevos de estas. Hasta el día de hoy, la isla es especialmente corta de setos de aves como los gorriones.

Actualmente se trata de conservar al máximo el entorno ecológico, creando zonas y reservas que funcionan gracias al trabajo de cientos de voluntarios, quienes donan su esfuerzo y dedicación para conservar este patrimonio natural.