En el siglo 16, el monasterio era el centro de la Congregación Mljet (Congregatio Melitensem o Melitanam), era la recopilación de todos los monasterios de monjes benedictinos en el ámbito de la República de Ragusa. En 1960 se convirtió en uno de los mejores hoteles en croacia, y en 1998 fue devuelto a el Obispado nuevamente.

El primer presidente de la Congregación fue Mavro Vetranović, fue el abad del monasterio de Mljet y es el famoso poeta.

Otro gran poeta fue abad de esa misma congregación, Ignjat Đurđević en el siglo 18.
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Con el paso del tiempo, el monasterio benedictino de Mljet perdió su importancia, mientras que la sede de la Congregación se trasladó a Mljet Sveti Jakov cerca de Ragusa.

En 1809, durante el imperio de Napoleón, el monasterio se disolvió en Mljet, cuando Austria se hizo cargo de la isla, puesto que la oficina de la silvicultura se instaló en el edificio.

Entre las guerras mundiales, el edificio era propiedad de la Rugusa (Dubrovnik) el Obispado de Croacia.